全基因組甲基化測(cè)序
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)（Epigenetics）的重要組成部分，在維持正常細(xì)胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類腫瘤發(fā)生中起著重要的作用。Bisul?te處理能夠?qū)⒒蚪M中未甲基化的胞嘧啶與甲基化的胞嘧啶區(qū)分開來，因此成為表觀遺傳學(xué)研究的經(jīng)典實(shí)驗(yàn)方法。Bisul?te處理與高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的測(cè)序方法—Bisul?te Sequencing能夠繪制單堿基分辨率的DNA甲基化圖譜。
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特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析，為廣泛應(yīng)用于細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機(jī)制研究，以及動(dòng)植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。將樣本DNA用亞硫酸氫鈉處理，未甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?，而甲基化的胞嘧啶?mC）則不受影響；而在PCR擴(kuò)增反應(yīng)中，尿嘧啶會(huì)被DNA聚合酶識(shí)別為胸腺嘧啶；最后采用特定的算法將測(cè)序所得reads與基因組進(jìn)行比對(duì)就可獲知樣本DNA的甲基化情況。
信息分析
1、Bisulfite-seq數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)： 數(shù)據(jù)產(chǎn)出總量；C的測(cè)序深度統(tǒng)計(jì)；基因組覆蓋度統(tǒng)計(jì)，全基因組甲基化率統(tǒng)計(jì)；
2、計(jì)算C堿基的甲基化水平
3、全基因組甲基化水平數(shù)據(jù)分布趨勢(shì)
a）甲基化C堿基中CG, CHG 與CHH的分布比例
不同分布類型的甲基化C位點(diǎn)在不同物種基因組中出現(xiàn)比例不同，因此，各類型mC ( mCG、mCHG和mCHH ) 的位點(diǎn)數(shù)目，及其在全部mC的位點(diǎn)中所占的比例 ( 例：mCHG所占比例= mCHG數(shù)目/mC的總數(shù) )，在一定程度上反映了特定物種的全基因組甲基化圖譜的特征。咨詢電話: 13816144967 (微信同號(hào))
b）CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平
不同分布類型的C 堿基( CG、CHG和CHH )，其甲基化水平在不同物種間，甚至同一物種不同細(xì)胞類型間都存在差異。此圖統(tǒng)計(jì)每種類型 ( CG、CHG和CHH ) 甲基化的C甲基化水平的分布。
c）統(tǒng)計(jì)不同基因區(qū)域內(nèi)CG、CHG和CHH中C的甲基化水平
對(duì)于在不同基因區(qū)域CG、CHG和CHH中的C，根據(jù)如下的公式統(tǒng)計(jì)其平均甲基化水平：平均甲基化水平=100*支持甲基化的reads的數(shù)目/總的reads的數(shù)目。（如：CG平均甲基化水平=100* 支持CG甲基化的reads/（支持CG甲基化的reads+支持CG非甲基化的reads)
d）CHG，CHH中甲基化C附近的9bp序列的序列特征分析
分析非CG位點(diǎn)的甲基化的C附近堿基的分布情況，統(tǒng)計(jì)不同甲基化模式(CHG和CHH)出現(xiàn)的概率。圖形橫軸（x 軸）表示堿基位置，其中第四位上為用于分析C 堿基。縱軸（y 軸）為熵值（0 為最小值，表示四種堿基比例均勻，都為25%，2 為最大值，表示四種堿基分布最不均勻，即只有一種特定堿基出現(xiàn)，如第四位的C 與第六位的G）。
4、全基因組甲基化圖譜
4.1染色體的甲基化分布
選取一條染色體，從染色體水平來描述甲基化C堿基的的分布情況。通過劃窗口的方法來計(jì)算每個(gè)窗口的甲基化水平，下圖窗口大小為10k。
4.2不同基因組區(qū)域的甲基化分布特征
不同的基因組區(qū)域具有各自不同的生物學(xué)功能，下圖中以柱形圖的形式表示甲基化分布情況，有助于進(jìn)一步了解這些區(qū)域的甲基化圖譜特征。咨詢電話: 13816144967 (微信同號(hào))
5、差異性甲基化區(qū)域（DMRs）分析
比較兩組樣品間甲基化水平的差異對(duì)人類疾病研究、生長(zhǎng)發(fā)育研究以及生物學(xué)的基礎(chǔ)研究都具有重要的意義。這兩組樣品可以是不同類型的個(gè)體，可以是同一個(gè)體的不同組織，也可以是同一組織在不同時(shí)間點(diǎn)的取樣。
5.1基于methyKit的差異甲基化(DMRs)分析
5.2基于BSmooth的差異甲基化(DMRs)分析
5.3DMRs相關(guān)基因的GO聚類分析
Gene Ontology（簡(jiǎn)稱GO）是一個(gè)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化的基因功能分類體系，提供了一套動(dòng)態(tài)更新的標(biāo)準(zhǔn)詞（controlled vocabulary）來全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。GO總共有三個(gè)ontology（本體），分別描述基因的分子功能（MF: molecular function）、所處的細(xì)胞位置（CC: cellular component）、參與的生物過程（BP: biological process）。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
生物信息分析
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